开放了精灵闪光功能，口袋增加了Mega进化（超进化）与独树一帜的妖怪养成闪光精灵系统，3V3极限竞技带来更多的精灵战术变化，可在主城内点击玩家进行加好友与切磋操作。对战游戏还增加了新的手游香港母鸡普通副本关卡，增加宠物联赛中道具掉落概率。口袋VR服务器优化了聊天栏，妖怪养成口袋妖怪3DS是精灵一款基于经典IP精心打造的口袋妖怪主题手游，延续了原作中精灵收集与养成的对战核心玩法，手游 降低了角色30级之前升级所需经验，口袋高度还原了全部六世代，妖怪养成雷神，精灵为每一只精灵量身打造了唯一的对战技能释放特效，增加了城内交互系统，手游降低了融合所需要的经验，Mega暴鲤龙，优化了十连抽，完美还原了宿命对决，炎帝，水君等新精灵。游戏中，原始盖欧卡，闪光变异后精灵外观变色，完美复刻了3DS平台的游戏体验，10连抽内可能出现精灵碎片，开放了极限竞技场，游戏中，原始固多拉，在对战中完美表现出了属性相克，野外神兽捕捉，联合进化等功能。Mega大嘴娃，增加了表情包，并提高个体值，并增加通用碎片，新增了Mega巨钳螳螂，超过700只超强小精灵，忠实还原十八种原作属性。